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磺化Cy5是Cy5的水溶型。它的光谱性质和Cy5类似，在荧光显微镜下发远红色荧光。它荧光亮，对pH不敏感，一般可以用633nm或647nm的激光束激发然后用Cy5或APC滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。磺化Cy5荧光落在远红光区，使用磺化Cy5或者其它远红光染料的一个重要优势是在这个长波长光谱范围内样品背景荧光较低，而在这个区域CCD相机/检测器检测灵敏度最高。磺化Cy5-伯氨可以用来标记蛋白，抗体，多肽，核酸分子等。由于它的良好水溶性，它比普通Cy5-伯氨更适合标记蛋白。

伯胺基(primary amine)是生物标记反应中常用的基团。蛋白表面赖氨酸侧链(residue)官能团就是伯氨基，伯胺基可以和NHS活化酯(N-羟基琥珀酰亚胺酯，N-hydroxysuccinimide ester，succinimidyl ester)，异氰酸酯(-N=C=S，isothiocyanate)或其它活化基团反应生成稳定链接，从而把Cy5分子连接到目标分子上。

磺化Cy5-伯氨的水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy5水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到生物分子表面后不会引发疏水性聚集，提高荧光标记产物的稳定性。磺化Cy5-伯氨也溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。

磺化Cy5-伯氨标记后的产物Ex/Em是649/672nm。和它具有相似荧光特性的染料包括Alexa Fluor 647，DyLight 649，ATTO 647等。

CAS号	2183440-44-8
分子式	C38H52N4O7S2
分子量	740.97
结构式
光谱特性	Ex/Em＝649/672nm(PBS缓冲液)
消光系数	271000L·mol-1·cm-1
量子产率	0.28
外观	深蓝色固体
溶解性	易溶于甲醇，DMF等有机溶剂，极易溶于水
保存条件	避光，干燥，-20℃保存

• 磺化Cy5水溶性高，极性强，如需脂溶性标记染料，请选择普通Cy5-伯氨。
  
• 标记时使用不含氨基的缓冲体系，比如磷酸钠缓冲液（PBS），Hepes缓冲液，碳酸氢钠缓冲液；或硼酸缓冲液等。不要使用任何含伯胺或仲胺的缓冲液，比如Tris，甘氨酸等，它们会和磺化Cy5上的伯胺竞争。高浓度咪唑(imidazole)也会影响反应。
  
• 标记反应不要放在强光下，因为大部分荧光化合物在强光下长时间照射会缓慢光漂泊。